As competências do Conselho de Faculdade incluem:
- Aprovar o seu regimento, que incluirá o processo de eleição do Director e deverá prever condições para o regular funcionamento do órgão;
- Eleger o seu Presidente, por maioria absoluta dos membros em efectividade de funções, de entre as personalidades do exterior;
- Eleger, por maioria absoluta, e demitir, por maioria de 2/3, o Director, sendo, em qualquer dos casos, as maiorias referidas aos membros em efectividade de funções;
- Propor ao Director processos de avaliação globais ou sectoriais, tendo por objecto a FCT, departamentos ou centros de investigação;
- Propor ao Director estratégias de angariação de fundos para a FCT;
- Propor ao Director medidas adequadas ao aprofundamento da relação entre a FCT e a comunidade;
- Auditar a gestão da FCT;
- Apreciar os actos do Director e do Conselho Executivo;
- Propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento da Instituição;
- Desempenhar as demais funções previstas na lei, nos estatutos da UNL ou nos presentes estatutos.