O Conselho Executivo é presidido pelo Director e integrado pelos Subdirectores e pelo Administrador da FCT.
- Director: Prof. Doutor Fernando Santana, Presidente
- Subdirectora (Gestão da Qualidade e Planeamento; Unidade de Promoção de Empreendedorismo e Transferência de Tecnologia): Prof. Doutora Zulema Lopes Pereira
- Subdirector (Conselho Científico): Prof. Doutora Maria da Graça Madeira Martinho
- Subdirector (Conselho Pedagógico): Prof. Doutor Jorge Lampreia
- Subdirector (Divisão de Informática e Divisão de Documentação e Biblioteca): Prof. Doutor José Júlio Alves Alferes
- Administrador: Dr. Luís Filipe Gonçalves Gaspar