Tenho sempre que me inscrever às disciplinas com repetição nos dois semestres a que chumbei, quer queira quer não?

Sim. Sempre que uma cadeira é repetida em ambos os semestres e considerando a regra geral "as disciplinas atrasadas, primeiro", um estudante tem SEMPRE que se inscrever às disciplinas que se repetem, até as ter realizado, claro. Por exemplo, um estudante está inscrito em AM II C no 1.º semestre. Se chumbar, terá que se inscrever outra vez no 2.º semestre, e assim sucessivamente.