O Colégio de Presidentes de Departamento é um órgão de consulta e apoio do Diretor na gestão da Faculdade, assegurando uma articulação permanente entre o governo central da Faculdade e o governo dos departamentos.É composto pelo Diretor, que preside, e pelos Presidentes de Departamento.
Compete ao Colégio de Presidentes de Departamento pronunciar-se sobre quaisquer assuntos que lhe sejam submetidos pelo Diretor, em particular nas seguintes matérias:
a) Linhas gerais de orientação da Faculdade nos planos científico, pedagógico e financeiro;
b) Reafetação de docentes, investigadores e trabalhadores não docentes e não investigadores entre departamentos;
c) Projetos que envolvam vários departamentos;
d) A distribuição do serviço docente.