Já foi/foram lançada(s) a(s) nota(s) da(s) disciplina(s) que fiz em Época Especial mas continua tudo na mesma na minha situação académica. Por exemplo, eu deveria ter passado de ano com os ECTS dessa(s) disciplina(s). O que se passa?

Nada, por enquanto. O CLIP só acerta esses detalhes resultantes das disciplinas feitas em EE, todos os dias pelas 19:00. Assim, espere até lá que verá que os seus novos ECTS já contam.