No Plano Curricular do meu curso, a Opção Livre FCT está no 1.º semestre mas a disciplina que eu gostava de fazer só é dada no 2.º. O que fazer?

Se quer mesmo fazer essa cadeira terá que se inscrever no 2.º semestre, quando ela é oferecida. Significa isto que ficará com um 1.º semestre mais "leve" e um 2.º semestre mais "pesado". Para efeitos do cumprimento do Plano Curricular, não tem importância.