CEFAGE - Centro de Estudos e Formação Avançada em Gestão e Economia Coordenador: Prof. Doutor Joaquim Pina
CEFITEC - Centro de Física e Investigação Tecnológica Coordenador: Prof. Doutor Orlando Manuel Neves Duarte Teodoro
CENSE - Centro de Investigação em Ambiente e Sustentabilidade Coordenador: Prof. Doutor Rui Ferreira dos Santos
CIUHCT - Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia Coordenadora: Prof. Doutora Isabel Maria da Silva Pereira Amaral
CMA - Centro de Matemática e Aplicações Coordenador: Prof. Doutor António José Mesquita da Cunha Machado Malheiro
CTS - Centro de Tecnologia e Sistemas Coordenador: Prof. Doutor Luís Camarinha de Matos
GeoBioTec - Geobiociências, Geoengenharias e Geotecnologias Coordenador: Prof. Doutor Fernando José Lidon
I3N - Instituto de Nanoestruturas, Nanomodelação e Nanofabricação Coordenadora: Prof. Doutora Elvira Fortunato
LAQV - Laboratório Associado para a Química Verde - Tecnologias Limpas e Processos Coordenador: Prof. Doutor João Paulo Crespo
LIBPhys - Laboratório de Instrumentação, Engenharia Biomédica e Física das Radiações Coordenador: Prof. Doutor José Paulo Santos
MARE - Centro de Ciências do Mar e do Ambiente Coordenadora: Prof. Doutora Maria da Graça Martinho
MEtRICs - Centro de Engenharia Mecânica e Sustentabilidade de Recursos Coordenadora: Prof. Doutora Ana Luísa Almaça da Cruz Fernando
NOVA LINCS - NOVA Laboratory for Computer Science and Informatics Coordenador: Prof. Doutor Luís Caires
UCIBIO - Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas Coordenadora: Prof. Doutora Maria João Romão
UNIDEMI - Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Engenharia Mecânica e Industrial Coordenador: Prof. Doutor António Grilo
VICARTE - Vidro e Cerâmica para as Artes Coordenadora: Prof. Doutora Márcia Vilarigues
Coordenação Geral dos Centros de Investigação
Prof. Doutor Luís Caires
A FCT NOVA acolhe 16 centros de investigação reconhecidos pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (dos quais 9 classificados com "Excelente" e 5 com “Muito Bom”).