CEFITEC - Centro de Física e Investigação Tecnológica Coordenador: Prof. Doutor Orlando Manuel Neves Duarte Teodoro
CENIMAT|i3N - Centro de Investigação de Materiais do Laboratório Associado i3N, Instituto de Nanoestruturas, Nanomodelação e Nanofabricação Coordenador: Prof. Doutor Rodrigo Martins
CENSE - Centro de Investigação em Ambiente e Sustentabilidade Coordenador: Prof. Doutor Nuno Videira
CERIS NOVA - Civil Engineering Research & Innovation for Sustainability Coordenador: Prof. Doutor Rodrigo Gonçalves
CIUHCT - Centro Interuniversitário de História das Ciências e da Tecnologia Coordenadora: Prof. Doutora Isabel Maria da Silva Pereira Amaral
CMA - Centro de Matemática e Aplicações Coordenadora: Prof. Doutora Ana Luísa Custódio
CTS - Centro de Tecnologia e Sistemas Coordenador: Prof. Doutor Luís Camarinha de Matos
GeoBioTec - Geobiociências, Geoengenharias e Geotecnologias Coordenador: Prof. Doutor Fernando José Lidon
LAQV - Laboratório Associado para a Química Verde - Tecnologias Limpas e Processos Coordenador: Prof. Doutor João Paulo Crespo
LIBPhys - Laboratório de Instrumentação, Engenharia Biomédica e Física das Radiações Coordenador: Prof. Doutor Ricardo Vigário
MARE - Centro de Ciências do Mar e do Ambiente Coordenadora: Prof. Doutora Maria da Graça Martinho
MEtRICs - Centro de Engenharia Mecânica e Sustentabilidade de Recursos Coordenadora: Prof. Doutora Ana Luísa Almaça da Cruz Fernando
NOVA LINCS - NOVA Laboratory for Computer Science and Informatics Coordenador: Prof. Doutor Luís Caires
UCIBIO - Unidade de Ciências Biomoleculares Aplicadas Coordenadora: Prof. Doutora Cecília Roque
UNIDEMI - Unidade de Investigação e Desenvolvimento em Engenharia Mecânica e Industrial Coordenador: Prof. Doutor Telmo Santos
VICARTE - Vidro e Cerâmica para as Artes Coordenadora: Prof. Doutora Márcia Vilarigues
A FCT NOVA acolhe 16 centros de investigação reconhecidos pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (dos quais 10 classificados com "Excelente" e 4 com “Muito Bom”).
